Diferentemente das versões anteriores para console, o RPG Maker Advance já vem com um banco de dados com algumas habilidades, personagens, cidades e inimigos, servindo então como um jogo de testes para o usuário aprender como a ferramenta funciona. Outra diferença dessa versão para o portátil é a existência de camadas, permitindo a criação de mapas mais complexos se comparado com os mapas das versões para o Super Nintendo, como o RPG Tsukūru 2. Entretanto, ainda existe um limite na quantidade de eventos, personagens, mapas e habilidades que podem ser criadas (normalmente indo até 99, mas alguns, como os mapas, vão a até 30 somente).

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