muda o layer para o 3 cara '-'
 akeles icones em baixo do "zoom"

É como o Oliiver disse cara, o RPG Maker trabalha com Layers na hora do mapeamento. Abaixo do zoom, há 3 botoes como se fossem uma espécie de 3 folhas uma em cima da outra e a laranja especifica qual é a selecionada.
Portando um ex:
Você coloca o chão e as paredes no layer 1
adiciona uma mesa e cadeiras no layer 2
e para colocar vasos, comidas e etc em cima da mesa, layer 3.
Esse fundo que no projeto está branco e ingame, preto, é retirado devido a transparência do programa quando você utiliza os layers 2 e 3.