Esta é uma lista para ajudá-lo a decidir qual software usar para criar pixel art. Atualmente, contém todos os aplicativos de desktop mais populares. Se algo estiver errado ou faltando, avise-me.

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Lospec Pixel Editor

Um editor básico baseado na Web, feito para ser simples e intuitivo. Pode usar qualquer paleta do Palette List.
Complexidade: Principiante
Preço: Grátis
Plataforma: Web
https://lospec.com/pixel-editor

Aseprite

Um editor popular desenvolvido ativamente. Tem uma interface de pixel art.
Características: Layers, animação, custom brushes
Complexidade: Intermediário
Preço: $15, Gratúito Limitado
Plataforma: Windows, Linux, Mac
https://www.aseprite.org/

PyxelEdit

Um programa de pixel art menor focou-se na edição de blocos.
Características: Layers, animação, tiles
Complexidade: Intermediário
Preço: $10, Versão mais antiga gratuita
Plataforma: Windows, Mac
http://pyxeledit.com/

Graphics Gale

Uma ferramenta de pixel art japonesa criada em 2005, mas ainda sendo atualizada. Freeware recentemente feito.
Características: Layers, animação
Complexidade: Avançado
Preço: Grátis
Plataforma: Windows
https://graphicsgale.com/us/

Photoshop

Um grande aplicativo de edição de imagem multiuso, que, se ajustado para as configurações corretas, pode ser facilmente usado para pixel art. Alguns recursos, como a animação, podem ser difíceis de usar, mas a flexibilidade do programa permite que você imite ferramentas avançadas, como a pintura de índice e a manipulação de paleta.
Características: Layers, animação, custom brushes
Complexidade: Avançado
Preço: $10/month, Avaliação gratuita por 30 dias
Plataforma: Windows, Mac
http://www.adobe.com/products/photoshop.html

Pro Motion

Ferramenta profissional inspirada no DPaint. Tem uma interface de janela desanexada.
Características: Layers, animação, tiles, paleta de manuseio
Complexidade: Avançado
Preço: $39, Grátis limitado
Plataforma: Windows
https://www.cosmigo.com/

Paint.NET

Um programa gratuito de edição de imagens para o Windows, originalmente destinado a substituir o MSPaint.
Características: Layers, animação, custom brushes
Complexidade: Intermediário
Preço: Grátis
Plataforma: Windows
https://www.getpaint.net/

MSPaint

Um programa de pintura simples incluído no Windows XP. Versões posteriores do programa não suportam pixel art.
Complexidade: Principiante
Preço: Grátis
Plataforma: Windows
https://archive.org/details/MSPaintWinXP

GrafX2

Originalmente criado para DOS e desde então foi portado para o Windows. Tem algumas ferramentas que nenhum outro programa faz, mas possui uma interface antiquada.
Características: Manipulação de paleta, custom brushes, layers, animação
Complexidade: Avançado
Preço: Grátis
Plataforma: Windows, Linux, Mac, Android
http://pulkomandy.tk/projects/GrafX2

Gimp

Um editor de imagens de múltiplos propósitos, projetado para ser um substituto gratuito para o photoshop. Pode ser configurado para usar para pixel art. Usa uma interface de janela flutuante.
Características: Layers, custom brushes
Complexidade: Avançado
Preço: Grátis
Plataforma: Windows, Linux, Mac
https://www.gimp.org/

Krita

Um programa gratuito de código aberto que está em desenvolvimento desde 1999. É destinado a pintura digital, mas pode ser configurado para pixel art.
Características: Layers, animation
Complexidade: Avançado
Preço: Grátis
Plataforma: Windows, Linux, Mac
https://krita.org/en/

Piskel

Um editor de arte em pixel de código aberto online com uma galeria de usuários.
Características: Layers, animação
Complexidade: Intermediário
Preço: Grátis
Plataforma: Web
https://www.piskelapp.com/

PikoPixel

Um editor de pixel art de código aberto.
Características: Layers
Complexidade: Principiante
Preço: Grátis
Plataforma: Mac
http://twilightedge.com/mac/pikopixel/

Slate

Um editor de pixel art de código aberto cujo objetivo é simplificar a criação de sprites e tilesets, oferecendo uma interface personalizável e fácil de usar.
Características: Layers, tiles, animação
Complexidade: Principiante
Preço: Grátis
Plataforma: Windows, Linux, Mac
https://github.com/mitchcurtis/slate

Pixel.Tools

Um editor de pixel art on-line que suporta colaboração.
Características: Animação, colaboração
Complexidade: Intermediário
Preço: Grátis
Plataforma: Web
https://prominentdetail.github.io/Pixel.Tools/

Swanky Paint

Um editor inspirado no Deluxe Paint com muitos recursos.
Características: Animação, layers
Complexidade: Intermediário
Preço: $9.99
Plataforma: Windows, Mac, Linux, Android
http://store.steampowered.com/app/432030/Swanky_Paint/

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Fonte: lospec

Muito bom. Obrigado por disponibilizar.

Alguém teria algum link diferente do "GrafX2", não consigo por esse que esta.